In Kenia leben Christen (66%), Moslems (6%), Hindus, Sikhs und Anhänger der Naturreligionen (26%) ohne nennenswerte Konflikte und Diskriminierungen miteinander. Geschichtlich bedingt verteilen sich die Religionsgruppen nicht gleichmäßig über das Land, sondern sind an der Küste und im Landesinneren jeweils unterschiedlich stark vertreten.

In Zentralkenia findet man hauptsächlich Christen und Anhänger animistischer Riten, während die Küste und die Nordost-Provinz islamisch sind. Dort leben auch die meisten Kenianer arabischen und asiatischen Ursprungs. Die Islamisierung der Küstenregion nahm mit der Einwanderung moslemischer Araber im 8. Jh. ihren Anfang. Erst im 19. Jh. breitete sich der Islam dann im Landesinneren aus, wo er jedoch nie sonderlich große Bedeutung erlangte, da dort damals die Christen begannen, intensiv zu missionieren. Die meisten der an der Küste ansässigen afrikanischen Moslems gehören den orthodoxen Sunniten an, während die asiatischen Moslems überwiegend den Schiiten zuzurechnen sind. Etwa 5000 Kenianer sind Ismailiten.
Die islamische geprägte Lebensweise zeigt sich am eutlichsten im Archipel Lamu. Dort wird nicht nur das Alkoholverbot noch streng eingehalten (auch wenn es Bars und Hotels gibt die alkohlische Getränke ausschenken), auch die Kleidung orientiert sich am Koran. Die Frauen sind außerhalb des Hauses in ihre traditionellen schwarzen "buibuis" gehüllt, und die Männer, zumindest die älteren, tragen noch die bodenlangen hemdartigen Gewänder, die "khanzus", und auf dem Kopf ein kleines Käppchen, die "kofia". Lamu ist außerdem an der ganzen Küste Ostafrikas berühmt für seine Feierlichkeiten zum Geburtstag des Propheten, dem "Maulidi al-Nabi".
Die Mehrheit der 32 Millionen Kenianer sind jedoch Angehörige christlicher Kirchen und Sekten. Die größte Gruppe bildeen die Katholiken, daneben gibt es Presbyterianer, Baptisten, Anglikaner, Methodisten, Quäker und andere.
Die christliche Religion hat ihre heutige große Bedeutung vor allem dem Wirken der Missionare zu verdanken, die seit dem 19. Jh. ins Land kamen.
Auch wenn der sonntägliche Kirchenbesuch eine feste Institution im Leben der meisten kenianischen Christen darstellt, spielt andererseits der afrikanische Ahnenkult bei ihnen auch heute noch eine bedeutende Rolle.
Die Religionen und Kulte der afrikanischen Volksgruppen Kenias unterschieden sich zwar in ihren Ausprägungen, doch in ihren Grundelementen sind sie sich sehr ähnlich. Gemeinsam ist ihnen der Glaube an einen Gott, der als höchstes Wesen alles erschaffen hat. Daneben gibt es eine große Zahl guter und böser Dämonen und Geister, die mit Opfern und Amuletten zufriedengestellt und besänftigt werden müssen. Eine große Rolle spielt meist auch die Natur: so gelten oft Bäume oder Berge als heilige Plätze, die nur zu bestimmten Zeiten und von bestimmten Personen berührt oder betreten werden dürfen. Dem Medizinmann kommt in den Stämmen und im Leben der Dorfverbände traditionell eine große Bedeutung zu. In erster Linie ist er ein Heilkundiger, der seine Kenntnisse über Heilkräuter, Wurzeln und Pflanzen zum Wohle der Gemeinschaft einsetzt. Mit westlichen Augen gesehen, entsprechen seine Aufaben am ehesten denen, eines Arztes und eines Seelsorgers. Darüber hinaus ist er auch ein Zuaberkundiger, der nicht nur mit den Ahnen, sondern auch mit Geistern und Dämonen in Kontakt treten kann.